某工程，建设单位与甲施工单位签订了施工总承包合同，并委托一家监理单位实施施工阶段的监理。经建设单位书面同意，甲施工单位将工程划分为A、B两个标段，并将B标段分包给乙施工单位。

在施工过程中，总监理工程师要求，A标段出现的质量隐患由A标段的专业监理工程师直接通知甲施工单位整改； B标段出现的质量隐患由B标段的专业监理工程师直接通知乙施工单位整改；如未整改，由总监理工程师签发《工程停工令》直接通知乙施工单位，要求停工整改。

阅读案例后，请回答下列问题：指出总监理工程师工作中的不妥之处，写出正确做法，并说出理由。